Kabataş Erkek Lisesi, 1908 yılı şubat ayında Kabataş semtinde Esma Sultan Konakları'nda daha önce kapatılmış olan Aşiret Mektebi'nin yerine açıldı.

18 Mayıs 1908'de yedi sınıf, 276 öğrenci ile öğretime başlayan okulun kurucusu ve ilk müdürü Aynizâde Hasan Tahsin Bey'dir. Okul, 17 Kasım

1913'te ilkokul kısmının da açılmasıyla on iki sınıflı "Kabataş Sultanisi" haline getirildi. 1919'dan itibaren yatılı ve gündüzlü olarak eğitim ve öğretimini sürdüren "Kabataş Sultanisi" 1923-1924 ders yılından itibaren sultanilerin kaldırılması üzerine "Kabataş Erkek Lisesi" adını aldı.

1928-1929 ders yılı başında Kabataş'taki eski binaların yetersizliği nedeniyle Beşiktaş Ortaköy'de, 1867-1875 yılları arasında Feriye Sarayları olarak inşa edilen bugünkü binalarına taşındı. Okul işleyişi ile ilgili ilk değişme, 1931 - 1932 ders yılında Feriye Saraylarının kapalı maneji olarak düşünülen yerin okulun kapalı salonuna dönüştürülmesiyle başladı.

1934 yılında okul bahçesinde yer alan ve Ağalar Dairesi adıyla bilinen cadde üzerindeki eski bina, onarılarak konferans salonu ve laboratuvarların yer aldığı, kültür binası olarak kullanıma açıldı.

Öğrenci sayısının artması sonunda 1941-1942 ders yılında okulun orta kısmı kapatılarak aynı binada yalnız lise olarak öğretime devam edildi. 1949'da Feriye Saraylarının üçüncüsü olan ve o tarihe kadar Beşiktaş Ortaokulu olarak kullanılan bölüm de "Pansiyon Binası" olarak liseye devredildi. Günümüzde yabancı dil öğrenmenin gerekliliği ve genel liselerimizdeki dil öğretiminin yetersizliğinin giderilmesi amacıyla Kabataş Erkek Lisesi'ne Anadolu liselerinden farklı bir statü (Süper Lise) kazandırılması düşünüldü. Türkçe eğitim yapılarak lise önüne bir yıl hazırlık sınıfı açılması, Lise 9, 10, 11, sınıflarda takviyeli olarak İngilizce okutulması esasına dayanan yönetmelik hazırlandı.

Böylece 1992-1993 Eğitim Öğretim yılında okulumuza kazandırılan yeni statü çerçevesi içinde karma eğitime geçildi. Okulun yeni statüye kavuşması öğrenci ve veliler arasında ilgiyi arttırdı. Bu nedenle İl dışından Okulumuzu kazanan kız öğrencilerin yatılı olma isteğini karşılamak amacıyla 1994 – 1995 öğretim yılından itibaren yatılı kız öğrenci alınmaya başlandı. 1995-1996 öğretim yılı sonunda Kabataş Erkek Lisesi Karma eğitimin ilk mezunlarını verdi. 1998-1999 öğretim yılından itibaren Anadolu Lisesi statüsüne alındı. 2006-2007 öğretim yılında Anadolu Liseleri arasında "Hazırlık artı 4 Yıl" öğrenim uygulayan Lise statüsü kazandı. Halen Hazırlık + 4 yıl Eğitim Süresi uygulanan Kabataş Erkek Lisesinde Hazırlık sınıflarında 4 sınıf İngilizce 2 sınıf Almanca temel dil olmak üzere eğitim verilmektedir.