1962-1963 yılları arasında Yenigün gazetesinde yazı işleri müdürlüğü de yaptı. Paris Üniversitesinde anayasa hukuku ve siyaset bilimi dalında “Modern Türkiye'de Siyasi Güçler” başlıklı doktorasını yaptı. 1968 yılında Fransa'da tanıştığı Bordeauxlu (Bordo) Nicole (Nilgün Kışlalı) ile evlendi. Bu evlilikten iki kızı -Altınay ve Dolunay- dünyaya geldi. Hacettepe Üniversitesinde siyaset sosyolojisi alanında öğretim üyeliğine başlasa da askerlik dönüşü üniversiteye kabul edilmedi. Siyasal Bilgiler Fakültesine geçti ve 1972 yılında doçent oldu. 1977 yılında CHP’den İzmir milletvekili seçildi. 1978 yılında Bülent Ecevit hükûmetinde Kültür Bakanı olarak görev yaptı. Kültür Bakanlığı'nca Ulusal Kültür Dergisini yayımlattı. 12 Eylül 1980 darbesi sonrasında Ankara Üniversitesi İletişim Fakültesi'nde siyaset bilimi dersleri vermeye başladı. 1988 yılında profesör oldu. 1991 sonunda Cumhuriyet gazetesinde Haftaya Bakış başlığıyla köşe yazıları yazmaya başladı. 1995 yılında Antalya yolunda birlikte geçirdikleri trafik kazasında eşini kaybetti. 1997 yılında ikinci evliliğini Nilüfer Kışlalı'yla yaptı. Bu evlilikten üçüncü kızı -Nilhan Nur- dünyaya gelmiştir. 21 Ekim 1999 tarihinde saat 09.40'ta Ankara'da evinin önünde uğradığı bombalı saldırıda öldürüldü. Saldırının faili bulunamadı. Ahmet Taner Kışlalı'nın mezarı, Karşıyaka Mezarlığı’ndadır. Mezun olduğu Kabataş Erkek Lisesinin bahçesine örnek yönlerinin hatırlanması ve gençliğe örnek olması için büstü dikilmiştir.

 Ölümünden sonra 1999 Sertel Demokrasi Ödülü'ne layık görülmüştür.

Başlıca Eserleri:

• 1968: Forces politiques dans la Turquie moderne (Modern Türkiye'de Siyasi Güçler) (AÜ SBF Yayınları)
• 1974: Öğrenci Ayaklanmaları (Bilgi Yayınevi)
• 1987: Siyaset Bilimi (İmge Kitabevi yayınları (1990, 1994, 1996, 1997, 1999, 2000, 2003)
• 1991: Siyasal Sistemler – Siyasal Çatışma ve Uzlaşma (İmge Kitabevi Yayınları, (1993, 1995, 1998, 2000, 2003)
  • 1993: Atatürk'e Saldırmanın Dayanılmaz Hafifliği (İmge Kitabevi Yayınları) - Mustafa Kemal Atatürk'e yapılan eleştirilere karşı yazdığı yazılarını derlemiştir.
  • 1994: Kemalizm, Laiklik ve Demokrasi (İmge Kitabevi Yayınları) (Atatürkçülük, Türkiye'de laiklik ve demokrasi konuları üzerine yazmış olduğu köşe yazılarını derlediği kitap)
  • 1995: Seçimsiz Demokrasi (Çağdaş Yayınları)
  • 1997: Bir Türkün Ölümü (Ümit Yayıncılık)
  • 1999: Ben Demokrat Değilim (İmge Kitabevi Yayınları)